教 程 经 验 “ 心 悦 填 大 坑 破 解 器 ” 分 享 装 挂 技 巧 步 骤

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【央视新闻客户端】

文|《中国科学报》记者孙滔

凌小滨的微信签名档写了这么一句话:“君子当有龙蛇之变 。”

这是来自庄子的名言 ,讲的是一种处事哲学:当时机合适时就如龙般腾飞展现才华,时机不利时就如蛇般蛰伏隐忍。

今年6月,就是这位美国麻省大学陈氏医学院博士后腾飞之际。作为一作兼共同通讯作者 ,凌小滨主持的天然RNA纳米笼结构研究以article的形式快速在线发表于《自然》杂志 。

在这项研究中 ,从冷冻电镜样品制备到收集和处理冷冻电镜数据,再到分析数据均出自她手 。她不仅解决了纯RNA结构解析难题,还讲清楚了这种纳米笼的组装机制 ,并且指出了使用这种纳米笼结构作为药物递送载体的可能性。

在结构生物学领域,此前的大部分研究集中在了蛋白质和蛋白质核酸复合物的结构解析,而纯RNA结构生物学的研究才刚刚起步。

样品制备是凌小滨这项研究最难的环节之一 。他们需要在保持样品天然状态的条件下 ,快速冷冻样品。这个环节中,对体外缓冲液的选择和优化至关重要,而样品的取向优势往往也是容易碰到且比较棘手的问题。一般情况下 ,更换缓冲液或加入去垢剂改变缓冲液性质,以及改变样品制备条件等是解决这类问题的方法 。

凌小滨说,“我们改变了缓冲液的性质 ,并进一步优化制备样品的条件,最终解决了这个问题 ”。

早在复旦大学麻锦彪实验室攻读博士学位期间,她在探索pri-miRNA的冷冻电镜结构的时候就尝试了各种不同的样品折叠方法 ,也因此积累了很多经验。不同的样品对同一种缓冲液的容忍时间长短是不同的 ,甚至同一种样品对不同缓冲液的容忍时间也是不一样的 。她说,“你越快抓住这个规律,就能越快得到成果。”

就这样 ,他们快速捕捉到了这种被称作RNA纳米笼的高分辨率冷冻电镜结构。这是一种天然存在的长链非编码RNA形成的八聚体纳米笼——它们以铰链的形式链接在一起,以两个四聚体拼合而成 。

更特异的地方在于,这个结构中间有空腔。这让凌小滨想到 ,这个空腔能不能用来做药物递送呢?当她把折叠进空腔内部的无序区域进行敲除以及用类似pri-miRNA的结构替代后发现,两种情况都能保持RNA纳米笼的结构形态。

这表明,这种天然的RNA纳米笼具备用来进行药物递送的潜力 。这也就意味着 ,一种新型的基因治疗方式有望诞生 。

当初加入麻省大学陈氏医学院方文雯实验室的时候,因为该实验室并非专门从事结构生物学研究,凌小滨需要从头搭建平台。

最难的是计算平台的搭建。之前在国内 ,这样的平台是由专司集群安装的外包技术人员负责的,而到了美国,凌小滨需要自己动手解决所有的问题 。

“第一次面对诸多问题 ,比如所有环境设置 、队列设置 ,还要考虑不是纯结构生物学人员使用的集群分配、多任务导致计算任务可能不兼容以及有可能产生的报错等问题。当时我感到非常头疼,每天都不想面对。”凌小滨说 。

与国内不同的是,由于国外的人工费比较贵 ,一般没有上门服务的技术人员,凌小滨只能通过邮件或者自己搜索论坛来解决碰到的问题。加上刚到美国,语言障碍、专业知识上的沟通障碍以及工作环境的迥异 ,都让搭建平台的难度比在国内要大很多。平台搭建最终花费了凌小滨三四个月的时间,也才勉强可以开始使用 。她只好在赶课题进度的同时来完善计算平台的功能。

虽说研究相关的实验还算顺利,但同行给了凌小滨不少压力。

这个研究主体在2024年10月份就已经完成 ,本来她正忙着建立细胞实验系统,打算稳扎稳打把其中的功能和机制夯实 。不承想,在当年12月份就看到了斯坦福大学的类似研究公布在了预印本上。这让他们顿感紧张 ,不得不舍弃了细胞实验的部分,优先把已有研究赶在圣诞节前投了出去。

经过两轮审稿,论文终于在6月份的《自然》杂志发表 。凌小滨很庆幸 ,她看到包括斯坦福大学团队研究在内的两项类似研究 ,也分别在《自然》杂志和《科学》杂志发表 。三项研究用了不同的RNA序列,都属于纳米笼结构。

与另外两个团队的工作相比,凌小滨的研究成果不局限于RNA结构的探索 ,而是进一步探索了RNA纳米笼组装机制以及未来可能的基因治疗应用。

凌小滨在2025年美国圣迭戈RNA学会年会作报告

“我很感激的一个人是厦门大学的一个师兄,是他奠定了我所有做科研的思维逻辑和对于科研的态度以及原则 。 ”凌小滨说。

这位师兄的叮嘱让她铭记在心:“你不要害怕把你的东西分享给别人,你永远要有东西可以分享给别人。”“你永远有东西可以分享给别人 。这个才是你的能力 ,才是真正属于你的东西。”

凌小滨擅长做从0到1的事情,这也为RNA纳米笼研究能在1年左右时间完成打下了基础。在厦门大学攻读硕士学位期间,凌小滨成功构建了2个小分子药物的体外筛选系统 。到了复旦大学 ,她从头建立了细胞蛋白表达纯化系统 、相变实验系统以及长非编码RNA转录和结构研究系统。

复旦期间,博导麻锦彪倡导自由探索。他包容且尊重学生思想的自由发展,并适时引导凌小滨形成了自由独立的研究风格 。

博士后导师方文雯尽管并非结构生物学研究出身 ,但还是给了凌小滨莫大的支持。为了赶时间,方文雯甚至拖着待产的身体,一直工作到论文投出去的那一刻才回家。凌小滨说 ,“真的很心疼她 ,能做到这样 。我很感谢她 。 ”

另一位通讯作者 、麻省大学陈氏医学院教授Andrei A.Korostelev是凌小滨的博士后第二导师,他也是这篇论文优美且准确表述的赋予者,因为Andrei的工作 ,论文还被审稿人夸赞是beautiful language(优美的文字)。这也是他们的论文被审稿人和编辑更快理解和接收的重要原因。

谈到将来,“现在还没有很清晰的结论,当然如果能回国肯定是最好的 ,因为在国外太饿了,没有美食” 。

https://www.nature.com/articles/s41586-025-09262-x

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